综合布线系统采取防护主要是为了尽量减少各种电气故障对综合布线系统的各种缆线和配线设备（包括接插件）的损害，避免对布线系统所连接的设备和器件的损坏。此外，如综合布线系统的周围环境中存在着严重的电磁干扰源，对布线系统的正常运行有极大的影响时，必须采用屏蔽系统等防护措施，以抑制外来的电磁干扰。在进行防护时，各种缆线和配线设备的选用是非常关键的，在防护中应注意以下几点：
了解工程现场实际情况和调查周围的环境条件。当建筑物在建或已建成，但尚未投入运行时，为确定综合布线的选型，应先测定建筑物周围环境的干扰场强度；了解建筑物内部可能设有或已有的其他电磁干扰源；了解综合布线系统采用的等级类别。然后根据实际情况，对照标准中规定的各项指标，来选用切实可行，经济合理的设备和器材，并采取有效的防护措施。对目前在改造扩建的工程，其基本要求与新建建筑物相同，但应根据工程现场具体条件测定各种技术参数（如干扰场强度和噪声信号电平等），并要求对照标准中规定的各项指标，选用设备和器材以及采取相应的防护措施。
若综合布线系统的周围环境干扰场强度较低，且综合布线系统与其他干扰源的间距符合规范的各项规定时，可以选用utp（非屏蔽缆线）系统和非屏蔽配线设备。
若综合布线系统的周围环境干扰场强度较强，本着技术先进、经济合理、安全适用的原则，在满足电气防护各项指标的前提下，应首先选用ftp（屏蔽缆线）和屏蔽配线设备或采用必要的屏蔽措施进行布线，以抑制外来的电磁干扰。
弱综合布线系统的周围环境干扰场强度很高，采用屏蔽系统也无法满足各项标准的规定时，应采用光缆系统。光缆布线具有最佳的防电磁干扰性能，既能防电磁泄露，也不受外界电磁干扰的影响。在电磁干扰较严重的情况下，是比较理想的防电磁干扰的布线系统，但目前光缆及光电转换设备价格较高。
在选用缆线和配线设备等硬件时，应保证其抑制性和统一性。例如选用超5类，则各种软件和配线设备（包括连接硬件）都应采用超5类；若选用屏蔽系统，则各种缆线和连接硬件都应采用屏蔽的，且应做良好的系统接地，以保证其整体性和完整的系统性。
综合布线系统的缆线和设备选用应该近远期相结合。在系统工程设计中，应根据建设单位的性质和特点，充分了解和研究用户近期和远期信息传输的实际需要，并考虑不同的通信业务，采取相应的防护措施，选用适宜的缆线品种。在设计时要防止建成后在较短的时间内又要进行改建和扩建，造成工程资金和材料浪费的情况；而考虑满足的时间过长或选用布线系统技术性能过高，又必然会增多本次工程建设投资，在经济上不一定合理。水平配线一般应以远期需要为主来考虑，垂直干线应以近期需要为主，适当考虑满足远期的需要；是否采用屏蔽系统应根据建筑物所在的环境与建筑物的发展综合考虑选定。
若局部地段与电力缆线等平行敷设，或接近电动机、电力变压器等干扰源，且不能满足最小净距的要求时，可采用钢管或金属线槽等措施做局部屏蔽或360°全程屏蔽处理。
