1工程承包合同条款本身存在法律欠缺
工程承包合同作为民事合同的一种，当事人双方是平等。然而，这只是法律规定，仅仅是一种理想的状况。法律上平等的双方，在实际中会因为种种原因，形成弱势与强势之分。在中国，就目前形势而言，甲方处于强势地位，乙方处于弱势地位。
在承包工程中，越早就结算办法与甲方商定法律性文件（如正式作为承包合同附件或补充协议），越对承包方有利。否则就是“人为刀俎，我为鱼肉”。预则立，不预则废！
2不注意各种签证的把握
施工单位管理不完善，一味的追求工程质量、进度，而忽视了要钱的签证。施工高峰期，常挂在嘴边的一句话：“缺什么？买去！”随着竣工结算的进行，施工中问题逐渐暴露出来。
当初投标时，采取了低价投标的策略，在工程进行中如何创造盈利点，是工程是否盈利的关键。这就需要各个部门的配合，树立全员经营意识。要每个人明白，我们告别父母，分别妻儿，不仅仅是来这里搞奉献来了，更重要的是来挣钱来了，如果工程赔了，干的再漂亮，也是不合格工程。正所谓“低价中标占领市场，工程索赔赢得利润”说的就是这个理。
3层层转包和肢解工程，使分包合同的法律约束力降低
转包和肢解工程的结果，直接导致工程项目管理难度的加大，特别在层层转包过程中，由于总承包企业的每一次向下转包都是以提取相应比例的“管理费”为前题的，而下一级承包单位多数为资质相对较低或没有资质的项目班子，因而在分包合同的洽谈和签定过程中，降低约束标准是难免的，这样就出现了每转包一次，转包合同的法定约束力就会被人为的降低一次。
4超极限无节制垫资的恶果
目前建筑市场“僧多粥少”，许多开发资金不足的房地产开发企业都是借施工单位的资金盖房发财，以达到“借鸡生蛋”的目的。施工单位为了承接项目，会接受房地产开发企业提出的半垫资或全垫资的要求。
工程造价中的工程结算审核，以施工承包合同为基础。以承发包双方发生的实物交易为依据，按照国家或地方施工工、料、机消耗标准进行核算，对双方有约束力。其工程结算审核结果可作为双方结算的法律依据。
