防水层是建筑物种植的关键构造层，防水层失败将无法进行种植，而且防水层掩埋于种植层以下；翻修的代价很大，故防水层设防标准应满足《屋面工程技术规范》中一、二级防水设防要求，即采用两道以上防水设防，防水层有效使用寿命要尽可能的长。
本方案设计采用的2.0mm厚CPS800或CPS1000高分子复合自粘防水卷材，以0.8mm厚或1.0mm厚HDPE复合片材做覆面层，具有较强的耐根系穿刺强度，底面为1.2mm厚橡胶沥青自粘胶层，具有较强的防水性能、蠕变性能和自愈合能力。由于HDPE复合片材在掩埋情况下降解、老化非常缓慢，据前苏联水科院研究结果表明，合成树脂片材在掩埋情况下寿命可达50年以上。