本指南的内容涵盖了河流生态环境调查与问题诊断，河流生态修复总体设计，河道形态保持、基底及岸坡修复，河道缓冲带构建，河道生态多样性修复，河道水质净化等方面，以及相关工程项目的维护与管理、投资估算方法等。本指南有助于指导各地开展入湖河流生态环境保护工作，改善入湖河流生境，提高河道自净能力，为维护湖泊及流域生态系统健康提供保障。
本指南适用于江河湖泊流域中小型河流河道的生态建设与修复工作。中小型河流原则上是指流域面积在200～3000km2 的河流，同时可兼顾一些流域面积小于200 km2 的小型河流。