污染严重的河道底泥中含有大量的有毒物质，并且在一定的条件下会被释放到水体之中。疏浚的办法就是把底泥中的污染物从水体之中提取出来，使其脱离河道的生态系统。该办法也可以解决河道於堵的问题，技术手段也简单，是目前我国河道治理使用最多的办法之一。但由于不同河流的污染类型、河流底泥厚度、密度、污染物浓度的垂直分布差别很大，这就造成了底泥疏竣的难度。另外，底泥疏竣会对河流生态环境造成一定影响，开挖过深会破坏河流生态环境。因此使用此方法很难达到理想的治理效果。