第二次陆上挖土将坞室基坑从第一次开挖面+0.00m开挖至底面标高，以施工坞室减压排水系统和坞室底板结构。基坑底面标高平均为-8.7m，其中1#坞中轴线为-8.79m、两侧为-8.62m，2#坞为-8.7m，另外在减压排水系统检查井、排水管处局部加深。整个坞室第二次挖土需开挖土方83万m3，其中6#～28#轴线需开挖土方67万m3、2#～6#轴线需开挖土方16万m3。