在国家层面，国家发展与改革委员会、国家信息化工作办公室、信息产业部、建设部、科技部等部门要加强城市信息化建设方面的领导和协调工作。
在城市层面，各市都应成立由市长或市委书记牵头的城市信息化工作领导小组，由一名副市长主抓信息化工作，强化对全市信息化工作的领导。
市信息化工作领导小组办公室是市政府主管信息化建设的综合协调机构，主要职责是研究提出本市信息化工作的发展战略、总体规划，负责对关系到全市国民经济和社会发展的重大信息工程项目建议书和可行性报告及资金运用的评审并组织具体实施及实施监督；运用市场机制调节信息产业和信息服务市场；鼓励、引导投资公益性信息化事业；负责地区电子信息系统的应用推广工作。保证各项工程的先进适用，实现标准统一、资源共享、信息安全，避免重复建设。
各委、办、局也要按照本单位的实际情况，明确负责信息化工作的领导，建立或指定机构，确定人员，负责各单位、各系统的信息化工作，形成全市统一的信息化管理体制。
各个城市还要尽快成立高水平的城市信息化专家委员会，充分发挥其在制定发展规划、政策法规以及重大工程建设中的作用。聘请国内外著名学者、专家、企业家等组成城市信息化智囊组织，参与发展战略制订、重大关键技术攻关、重点工程项目方案评审和建设成果的鉴定等工作。
各个城市要组建城市信息化投资公司（名称暂定），引入市场运作机制，通过协议控股的形式统一全市信息化软硬件系统的建设、维护、运营。各个城市要组建城市信息资源管理中心，负责全市信息资源开发、利用。
各个城市还要成立城市信息化工程监理办公室，对全市信息化建设重点项目和工程进行全过程的审核与监理，确保信息化建设工程的顺利实施。
城市各级党委、政府督查部门要强化对信息化建设工作的监督检查力度，确保城市信息化建设各项任务的按时完成，保证质量。
此外，各个城市还要建立、健全城市信息化学会、协会和其他社会团体组织，充分发挥其桥梁、纽带和行业自律作用。沟通政府与企业的联系，健全行业自律管理，参与培育和发展信息市场；组织学术交流，推进知识更新，协调技术研究开发和应用普及推广。
上海市和杭州市的做法值得其他城市借鉴。与很多城市设立信息产业局、信息中心或信息办不同，上海市设立了信息化委员会，并作为上海市政府综合管理全市国民经济和社会信息化的直属机构。上海市信息化委员会下设办公室（研究室）、发展规划处、政策法规处、合作交流处、信息安全处（市计算机病毒防范工作办公室）、科技处、社会信息化处（政务信息化处）（市金卡工程办公室、市电子信息系统推广办公室）、区县信息化处、信息产业管理处、信息基础设施管理处、诚信建设处、征信行业监管处、党群工作处、干部人事处、监察室（纪检办）、机关党委、市社会保障和市民服务信息系统管理办公室、行业协会指导办公室。上海市社会保障和市民服务信息系统管理办公室、征信管理办公室、无线电管理委员会的办事机构也设在上海市信息化委员会。其他城市可以根据自身情况确定职能，设立下属机构。
目前，杭州市已经建立了“一个领导小组、一个主管职能机构，各部门各司其职、企业积极参与”的信息化工作体系，成立了杭州市信息化工作领导小组、杭州市信息化专家咨询委员会、杭州市信息化办公室。为了适应我国加入世贸组织后的新形势，加快转变政府职能，杭州市组建了多个行业协会，实行政府部分职能的转移和延伸，使之成为沟通政府和企事业单位的纽带和桥梁。已经建立的有杭州市信息协会、杭州市软件协会、杭州市电子商务协会、杭州通信行业协会等。
大多数市的信息中心（或经济信息中心）是20 世纪80 年代依靠国家经济信息系统的建设而建立起来的，市信息中心和国家、省、县信息中心构成了计划委员会（现在的“发展与改革委员会”）系统经济信息中心的综合体系，是我国建设最早、投入最多、实力最强和机构最完善的一个信息系统。近几年来，国家经济信息系统的系统功能有所减弱。国家和省中心对市信息中心的发展只进行原则上的指导。
目前，有的市信息中心担负起了当地信息化规划、协调和组织管理工作。承担电子政务建设工作，搭建市政府的内外网系统和各种应用系统。还积极面向市场，所办的IT 企业在当地具有较强的竞争力，发展前景很好。这类市信息中心可以作为当地信息化综合管理机构，把所办的IT 企业逐渐剥离出去，明晰产权，并向IT 企业实行电子政务IT 外包策略。
有的市信息中心通过市计划发展委员会（或称“发展与改革委员会”）参与了当地信息化的规划工作，但没有能进一步渗透到市电子政务建设领域。没有市场运作的经验，处境一般。这类市信息中心可以收缩职能、改变定位，逐渐转变为市计划发展委员会（或称“发展与改革委员会”）服务的信息采集、整理、分析中心，而把网络系统、信息系统的维护外包给专业的IT 公司，集中精力成为城市经济社会发展的情报机构、智囊机构。
有的市信息中心起步较缓，底子薄，没有一定的实力和规模。近几年虽然有所发展，但由于人才和资金的缺乏，面临生存危机，处境艰难。这类市信息中心一是可以撤消或合并到其他部门；二是可以转变为市信息化宣传、培训机构，普及城市信息化知识，培养信息化人才；三是可以转变为市信息传播中心，负责采集、整理、分发各种信息，如建立当地信息网。
