历史的进化过程与现实的复杂组织，是需要复杂性科学深入探索和重新解释的开放型复杂巨系统领域。本文将概述一个新的分析框架，该框架主要包括：全息协同学一般原理；资源配置动力学；系统功效价值论；全协同过程博弈论。新分析对于资源配置系统引入广义技术构成并确定泛理性博弈行为；在资源配置和资源荷载之间引入基本技术约束（及变量），在系统功效和系统损耗之间引入基本经济约束（及变量）；内容涉及分工结构、信息空间、制度安排、行为规则、合作与竞争、委托与代理、交易费用、网络化、概率分布、运动方程、动态联盟等。
关键词 系统进化 制度变迁 复杂组织 全息协同性 动态联盟